三大诉讼法的修改，一直寄托着人们对司法体制改革实现司法独立目标的期许。由于行政诉讼案件中行政干预的可能性大大高于刑事诉讼和民事诉讼案件，因而在行政诉讼法中强调法官独立显得非常必要。但从整个国家司法体制上看，法官独立显然不应仅限于行政诉讼领域。

    马克思说过，法官是法律世界的国王，除了法律就没有别的上司。作为司法的首要操作者，法官的行为如果受到干预和不当制约，审判的独立与公正必然成为空谈。在我国，无论是宪法还是三大诉讼法，对于司法独立的表述都是法院独立，法官独立没有明确提出。这导致在法官独立的制度建设上一直处于空白状态，法院内部行政化倾向严重。要突破这种审判行政化“瓶颈”，就必须从法官制度上寻求切入点，围绕司法权力体系内部的职能配置，在司法机关内部实现行政管理职能与司法职能相剥离，实现“法官独立”。

    很长一段时间以来，我国法院在内部管理机制上，存在行政职能与司法职能错位的现象，使得司法领域内行政权和司法权不分，甚至以行政权代替司法权。例如在法官的选任上，通常有两套规则：显性规则是法院院长由同级人大选举，院长以下除助理审判员外均由院长提名、人大任命；隐性规则是院长、副院长由同级党委组织部门选拔考察提名，其他法官由院长或者法院组织部门选拔提名，并均由同级人大办理有关手续。无论是哪一种规则，其实质都是遵循由上而下的行政化运作方式。正如有的学者指出，这种行政化的选拔任命方式，抽掉了法官独立的最重要基石，使得法官成为听令于上级的普通办事员，加上等级森严的晋升奖惩机制，法官的独立性和公正性就在这种行政体制下被层层消解。

    确立法官独立制度，将审判人员从一般的行政人员中分离出来，对其实行有别于行政人员的专业化管理，这是避免审判受行政干扰的必然出路。它不仅能减少来自法院外部的干预，更关键的是减少了审判中的行政化色彩，可以避免因为行政领导关系而带来的“人情案”，在法院内部实现“我审判，我负责”。当然，法官真正实现独立还需要相应的制度支持，如：按照司法规律完善法官的产生、遴选、任职、晋升等法律法规，按照行政管理与审判业务分离建立新的司法管理机制，建立和完善相应的监督制度和责任机制等。只有在制度安排的基础上，才能在法院独立的同时实现法官独立。